有機肥在發(fā)酵過程中常用到的兩種方式。生產(chǎn)有機肥時所使用的原料發(fā)酵方主要有兩種，一種是好氧發(fā)酵，另一種是厭氧發(fā)酵。一般來說，在制肥料或基質(zhì)時，好氧發(fā)酵其發(fā)酵強度和均勻程度均遠優(yōu)于厭氧發(fā)酵。厭氧發(fā)酵是在特定的密閉條件下進行的，如，制作沼氣，或因高度缺氧，一些兼性微生物被迫厭氧發(fā)酵（特殊專性厭氧微生物除外）。好氧發(fā)酵條件要求相對較寬松，發(fā)酵較均勻，在發(fā)酵過程中可露天也可室內(nèi)放置，發(fā)酵功能強大，產(chǎn)物外觀內(nèi)質(zhì)均優(yōu)。